L’atelier 10 "à la carte" dont le contenu a été défini la veille en concertation a utilisé 6 documents :
1-un document format texte séparateur tabulation issu de http://mlva.u-psud.fr base Mtub 2002-2004 (à enregistrer sur le bureau)
2-un document format texte séparateur tabulation "résultat de la lecture des gels" (à enregistrer sur le bureau)
3-une image tiff d’un gel précédemment lu "manuellement" (à enregistrer dans dossier images de la base bionumerics)
4-un classeur excel "plans_gels" (Ã enregistrer dans un dossier "plans_gels" de la base bionumerics)
5-un script "produce MLVA" pour bionumerics (Ã enregistrer dans un dossiers "scripts" de la base bionumerics avec extension .bns)
6-un script "assignations_pistes_de_gels" (Ã enregistrer dans un dossiers "scripts" de la base bionumerics avec extension .bns)
Ces documents ont permis la création d’une base Bionumerics, la lecture d’un gel, la conversion du gel en "character data set".
Le fichier pdf donne un exemple du clustering qui peut être réalisé, permettant de situer les souches "lues" au cours de l’atelier par rapport à la collection de données utilisée. Par exemple, les souches ADN19, 11, 15 sotn associées à la famille "Beijing" ; ADN09 et 14 sont probablement de la famille dite "CAS". ADN12 est "exotique", un spoligotypage pourrait permettre de confirmer une appartenance soit à "CAS" soit à "Beijing". On peut remarquer que le typage même partiel n’empêche pas l’assignation sur un jeu de données plus complètes.
