La phagothérapie pourrait constituer une alternative dans le traitement des infections chroniques à Pseudomonas aeruginosa et à Staphylococcus aureus chez les patients mucoviscidosiques. Cependant la sensibilité à un bactériophage donné est très différente d’une souche à l’autre à l’intérieur de l’espèce. C’est pourquoi, nous sélectionnons par génotypage des souches représentatives de la diversité bactérienne et nous testons leur sensibilité à différents bactériophages utilisés pour la phagothérapie par l’Institut Eliava en Géorgie, et à des phages nouvellement isolés.
Nous cherchons à évaluer le rôle des structures CRISPRs dans la résistance de certaines souches. Notre but est de mieux sélectionner des phages à large spectre d’action et d’autre part d’étudier les éventuels transferts génétiques d’une espèce à l’autre. Les souches bactériennes sont génotypées par MLVA pour identifier les principaux groupes phylogénétiques. La sensibilité à différents bactériophages est effectuée par mesure du nombre de plage de lyse en milieu solide et par la vitesse et l’efficacité de la croissance virale en milieu liquide. Les structures CRISPRs des bactéries sont analysées par PCR et séquençage. Afin de pouvoir utiliser la phagothérapie pour traiter les infections chroniques à P. aeruginosa il est nécessaire de disposer d’une large collection de bactériophages et de tester ceux-ci contre des souches représentant l’ensemble de la diversité de l’espèce. La compréhension des mécanismes de résistance devrait permettre de mieux sélectionner les bactériophages les plus actifs.
Au cours de la période 2009-2013, le travail du laboratoire sur le sujet a été dirigé par Christine Pourcel. Il a donné lieu à deux publications et à une thèse. Deux autres publications sont en préparation à ce jour (janvier 2014).
Thèse de Christiane Essoh (2013) : Étude épidémiologique de souches de Pseudomonas aeruginosa responsables d’infections et de leurs bactériophages pour une approche thérapeutique.. Christiane Essoh a été soutenue notamment et successivement par l’association "Vaincre la mucoviscidose", par l’Agence Universitaire de la Francophonie et par la Côte d’Ivoire.
Ces premiers travaux nous ont permis de constituer une banque de phages contre Pseudomonas aeruginosa et dans une moindre mesure Escherichia coli, d’en séquencer et annoter le génome, de mesurer le degré de résistance spontané de souches isolées de patients atteints de la mucoviscidose.
Les résultats obtenus nous ont permis d’obtenir un financement sur la période 2014-2017 pour un projet dont le principal objectif sera la caractérisation des mécanismes génétiques sous-jacents, en utilisant les technologies de séquençage de masse (en collaboration avec la plateforme Imagif).