Une première étude par Onteniente et al. en 2003, décrivait 6 VNTRs et montrait que le typage par MLVA permettait de génotyper des souches de manière efficace et avec une informativité similaire à celle du ribotypage ou de l’analyse de fragments de restriction par champs pulsé.
Afin d’augmenter l’efficacité du MLVA nous avons utilisé la séquence du génome de la souche PA14, pour identifier de nouveaux marqueurs VNTRs. Le protocole MLVA actuellement utilisé comporte 13 marqueurs de type minisatellite (répétition de plus de 9pb) et 2 marqueurs de type microsatellite.
Protocole d’extraction de l’ADN
Pour la PCR, l’ADN peut être purifié avec des kits (Qiagen) ou bien par traitement au CTAB suivi d’extractions au phénol et chloroforme. L’ADN est conservé congelé à -20 °C.
