Il s’agit d’une étude rétrospective, et prospective de génotypie de Pseudomonas aeruginosa et Staphylococcus aureus, isolés chez les patients suivis dans deux CRCM (A. Trousseau et R. Debré). Ces deux espèces sont les plus problématiques pour la pathologie et l’épidémiologie des infections respiratoires au cours de la mucoviscidose.
La génotypie est effectuée par l’analyse du polymorphisme de séquences répétées en tandem (MLVA) ; les marqueurs génétiques polymorphes sont amplifiés par PCR et analysés par électrophorèse sur gel d’agarose ou sur séquenceur capillaire. La technique présente des qualités supérieures de discrimination, de reproductibilité et de rapidité par rapport aux techniques usuelles. L’étude permet de déterminer le génotype des souches de chaque patient, de la primocolonisation à l’infection chronique, ainsi que des clones trouvés chez les différents patients de chaque centre. La génotypie peut être complétée par les données phénotypiques (biotypes, antibiotypes) disponibles en routine. Ces résultats, réunis dans une base de données, permettront, grâce au logiciel BioNumerics, une étude comparative entre les deux CRCM.
